給与所得控除の見直しが課題となる。
給与所得控除については、従来より、給与所得者に係る「勤務費用の概算控除」のほか、被用者特有の事情に配慮した「他の所得との負担調整のための特別控除」という二つの要素を含むものとして整理がなされてきた。
このように被用者特有の事情を画一的にとらえて一律の控除を行う現行の仕組みを見直し、給与所得者の控除や申告のあり方についても、経費が適切に反映されるような柔軟な仕組みを構築していくべきである。
職務遂行上の経費として認められる特定支出控除の対象範囲の拡大について検討する必要がある。

短期間勤務に対しても２分の１課税が適用されているという点に関しては、事実上租税回避に使われている側面がある。
退職金については、全体として多様な就労選択に対し中立的な制度となるよう課税のあり方を見直すべきである。

事業所得については、売上げ、必要経費の記帳に基づく申告納税の趣旨の重要性を再認識する必要がある。簡素な税制を構築する狙いから、事業所得に関しては、実額での必要経費は正しい記帳に基づく場合のみ認めることとし、そうでない場合には一定の「概算控除」のみを認める仕組みを導入することも考えられよう。

土地、株式に係る譲渡所得については既に分離課税とされている。その他の資産の譲渡益についても、同様の取扱いとすることを検討する必要があろう。

所得の計算の実態、また所得区分の改廃にかかる経緯をみると、独立の所得区分としての不動産所得を廃止することを検討すべきである。

雑所得に統合することを検討すべきである。

公的年金等については、独立の所得区分を設けることを検討すべきである。
なお、世代内・世代間の負担の公平を図る観点から、給与所得控除の見直しも踏まえ、公的年金等控除のあり方については引き続き見直しが必要である。